Ar transponējamiem elementiem saistīto polimorfismu analīze Pinus sylvestris gēnu rajonos
Sākums: 12/2020 Noslēgums: 12/2021
Projekta numurs
lzp-2020/2-0151
Finansējums
100 389 EUR
Projekta vadītājs
Angelika Voronova
Projektu īsteno
Latvijas Valsts mežzinātnes institūts "Silava"
Zinātnes nozare
Lauksaimniecības un zivsaimniecības zinātnes, mežzinātne
Kopsavilkums
Parastā priede (Pinus sylvestris L.) ir nozīmīga skujkoku suga Latvijā, kuras atjaunošanai izmanto uzlabotu reproduktīvo materiālu. Tomēr nav zināmas jauno stādu pielāgošanas spējas iespējamo apkārtējās vides apstākļu izmaiņu rezultātā vai jauno patogēnu invāzijas gadījumā; šie apstākļi nav precīzi paredzami ilgstošā meža rotācijas periodā. Lai nodrošinātu nākotnes mežu ilgtspēju, ir svarīgi pētīt koku pielāgošanās mehānismus un to ģenētiskos pamatus. Transponējamo elementu (TE) saturs un izplatība ir atšķirīgs starp indivīdiem un spēj ietekmēt gēnu darbību, izjaucot gēnu funkcionālos rajonus, iespaidojot transkripciju, gēnu splaisingu un hromatīna struktūru; kā arī ietekmēt nekodējošās RNS darbību. Iepriekš esam izpētījuši TE topoloģiju gēnu flankējošajos rajonos, TE izplatību gēnu nekodējošajos rajonos. Parastās priedes (P. sylvestris L.) eksonu tuvumā tika identificēta virkne jaunu TE, kas satur svarīgus regulatīvus motīvus. Izmantojot mūsu laboratorijā izstrādātu jaunu TE-gēnu atlases metodiku un masīvo paralēlo sekvencēšanu, tika iegūta liela datu kopa, kuru var izmantot turpmākos pētījumos. Šī pētījuma mērķis ir atlasīt kandidātgēnus ar iepriekš identificētām TE insercijām, TE pārbaude un verifikācija, TE-gēna attāluma noteikšana, plašāka strukturālo izmaiņu izraisītās daudzveidības izpēte priedes selekcijas materiālā.
Projektu konkurss:
Fundamentālo un lietišķo pētījumu 2020. gada zinātnieku individuālo projektu konkurss