COVID-19 saistīto paraugu biobankas un asociēto datu integrētās platformas izveide Latvijā

Vispārīgā informācija

Sākums 01/07/2020 Noslēgums 31/12/2020 (piešķirts pagarinājums rezultātu nostiprināšanai un publiskošanai līdz 31/03/2021)

Projekta numurs

Projekta nr. VPP-COVID-2020/1-0016 

Finansējums

497 580 EUR

Projekta vadītājs

Jānis Kloviņš

http://www.biomed.lu.lv/lv

klovins@biomed.lu.lv

Projektu realizējošās institūcijas:

Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs

Rīgas Stradiņa universitāte

Rīgas Tehniskā universitāte

Latvijas Universitāte

Zinātnes nozare

Medicīnas bāzes zinātnes, tai skaitā farmācija

Projekta pase

Projekta mērķis ir izveidot centralizētu biobanku un datu apmaiņas platformu, veicinot vīrusa izplatības ierobežošanas aktivitātes, jaunu ārstēšanas metožu izstrādi un starptautisku sadarbību.

Galvenais šī projekta uzdevums ir izveidot labi strukturētu, drošu un centralizētu biobanku un datu apmaiņas platformu, lai atbalstītu vīrusa izplatības ierobežošanas aktivitātes, jaunu biomarķieru un ārstēšanas stratēģiju izstrādi, un veicinātu starptautisku sadarbību. Projekts būs būtiska daļa no Valsts pētījumu programmas “COVID-19 seku mazināšanai” visaptverošā mērķa. Projekta koncepta pamatā ir centralizēta pakalpojumu sniegšana zinātniskajām grupām, kas iesaistītas COVID-19 izpētē, ierobežojot darbību nevajadzīgu pārklāšanos, kas saistīta ar pacientu iesaisti pētījumā, datu un paraugu vākšanu, un analītisko testu veikšanu.

Projekta ietvaros tiks sasniegti šādi rezultāti:

  1. izveidota biobanka, kas ietver bioloģisko materiālu, klīniskos un antropometriskos datus no lielākās daļas COVID-19 pacientu Latvijā;
  2. COVID-19 pacientu standartizētu analīžu, tajā skaitā bioķīmisko, molekulāro un imunoloģisko marķieru, testu rezultāti;
  3. izveidota atvērta datu platforma, kas nodrošina nepieciešamos rīkus un piekļuvi visiem ar COVID-19 saistītajiem klīniskajiem un analītiskajiem datiem infekcijas izpētei un veselības aprūpes praksei. Projekta rezultātā tiks nodrošināta tūlītēja un atvērta pieeja visiem resursiem un datiem, kas iegūti un ģenerēti šī projekta laikā. Lai ievērotu atvērtās zinātnes principus, – omics dati tiks deponēti publiskajās datu krātuvēs un piedāvāti starptautiskām COVID-19 iniciatīvām.

Rezultāti

Zrelovs, N., Ustinova, M., Silamikelis, I., Birzniece, L., Megnis, K., Rovite, V., Freimane, L., Silamikele, L., Ansone, L., Pjalkovskis, J., Fridmanis, D., Vilne, B., Priedite, M., Caica, A., Gavars, M., Perminov, D., Storozenko, J., Savicka, O., Dimina, E., Dumpis, U., Klovins, J. (2021). First report on the Latvian SARS-CoV-2 isolate genetic diversity. Frontiers in Medicine. https://doi.org/10.3389/fmed.2021.626000

Ansone, L., Ustinova, M., Terentjeva, A., Perkons, I., Birzniece L., Rovite, V., Rozentale, B., Viksna, L., Kolesova, O., Klavins, K., & Klovins J. (2021). Tryptophan and arginine metabolism is significantly 1 altered at the time of admission in hospital for severe COVID-19 patients: findings from longitudinal targeted metabolomics analysis. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.03.31.21254699

Zrelovs, N., Ustinova, M., Silamikelis, I., Birzniece, L., Megnis, K., Rovite, V., Freimane, L., Silamikele, L., Ansone, L., Pjalkovskis, J., Fridmanis, D., Vilne, B., Priedite, M., Caica, A., Gavars, M., Perminovs, D., Storozenko, J., Savicka, O., Dimina, D., Dumpis U., Klovins, J. (2021). First report on the Latvian SARS-CoV-2 isolate genetic diversity. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.09.08.20190504

Rescenko, R., Peculis, R., Ustinova, M., Ansone, L., Terentjeva, A., Litvina, H. D., Birzniece, L., Megnis, K., Kolesova, O., Rozentale, B., Viksna, L., Rovite, V., Klovins, J. (2021). Replication of LZTFL1 gene region as a susceptibility locus for COVID-19 in Latvian population. DOI: https://doi.org/10.1101/2021.03.31.21254708

Projekta ietvaros iegūtie genotipēšanas dati ir kopīgoti Covid-19 host genome iniciatīvas ietvaros: https://www.covid19hg.org/partners/?partner=rec5elQzAvyvsv5EN

Izveidota Covid-19 pacientu un pārslimojušo cilvēku bioloģisko paraugu biobanka: https://www.genomadatubaze.lv/lv/covid-19-kohorta

Projekta ietvaros iegūtie dati ievietoti Eiropas Bioinformātikas institūta (EBI) Covid-19 Datu Portālā: https://www.covid19dataportal.org/sequences?db=embl-covid19 (ID datu atlasei: PRJEB40188)

Lielapjoma sekvencēšanas dati tiek deponēti GISAID: https://www.gisaid.org/

Projekta ietvaros izveidotā Covid-19 pacientu kohorta ir pieejama Biobanku un biomolekulāro resursu pētniecības infrastruktūru brīvpieejas rīkā BBMRI-ERIC Directory: https://directory.bbmri-eric.eu/menu/main/app-molgenis-app-biobank-explorer#/?country=LV

Covid-19 datu pētniecības sistēma (RTU HPC, Microsoft Azure, Curator): https://longenesis.com/curator

Rīcībpolitikas nodevums

X
Skip to content